Nato a Milano il 31 marzo 1947 da una famiglia originaria di Concordia Sagittaria, a 18 anni nel 1965 entrò nell’Ordine dei frati minori cappuccini, poi nel 1973 divenne prete. Svolse il ruolo di professore di patristica alla Pontificia università antonianum e per 16 anni fu direttore dell’Istituto di spiritualità della stessa università, inoltre svolse il ruolo di professore invitato alla Pontificia università gregoriana e alla Pontificia accademia alfonsiana, per altri 10 anni svolse il ruolo di visitatore del Collegio Orientale per la Congregazione per le Chiese orientali e consulente per la Congregazione per le cause dei santi. L’11 ottobre 2004 fu nominato vescovo titolare di Monteverde e vicario apostolico dell’Anatolia in sostituzione di Ruggero Franceschini nominato arcivescovo di Smirne. Il 7 novembre 2004 fu ordinato vescovo. Il 3 giugno 2010 fu ucciso a coltellate dal suo autista, Murat Altun che secondo fonti locali soffre di disturbi mentali ed era già stato arrestato dalla polizia turca nella sua abitazione di Iskenderun.

Alcuni mesi prima della sua morte, il 3 aprile 2010 scrisse una lettera in occasione della canonizzazione di santa Camilla da Varano in cui riproponeva l’esempio di perdono e riconciliazione che la Varano visse al momento dello sterminio della sua famiglia. Quattro giorni prima di essere assassinato rivolse queste parole ai pochi fedeli della chiesa turca: «Se oggi mi si chiedesse: sei contento di essere dove sei? Risponderei certamente di sì. Le difficoltà non hanno ridotto, ma anzi aumentato l’amore per questa Chiesa piccola ma importante. È facile amare quando tutto va bene e funziona, eppure tutti sappiamo che l’amore si misura nella prova». Padovese conosceva bene le difficoltà della sua nuova missione. Ai suoi fedeli scriveva nell’ottobre del 2005: «Tra tutti i paesi di antica tradizione cristiana, nessuno ha avuto tanti martiri come la Turchia. La terra che noi calpestiamo è stata lavata con il sangue di tanti martiri che hanno scelto di morire per Cristo».

L’ultimo in ordine di tempo era sicuramente don Andrea Santoro, il sacerdote romano ucciso il 5 febbraio 2006 nella chiesa di Trabzon mentre era raccolto in preghiera. In occasione del primo anniversario della sua morte, Padovese disse: «Chi ha pensato che uccidendo un sacerdote avrebbe cancellato la presenza cristiana da questa terra, non sa che la forza del cristianesimo sono proprio i suoi martiri… Preghiamo per il suo giovane assassino. La forza del nostro perdono e della nostra preghiera lo aiuti a capire che l’amore è più forte della morte». I funerali presieduti dal cardinale Dionigi Tettamanzi si svolsero il pomeriggio del 14 giugno 2010 presso il duomo di Milano.